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杭州吴越钱唐足球俱乐部的前身是成立于2004年9月8日的杭州城市天使队。2005年3月，球队获得杭州芝浦科技有限公司赞助，更名为杭州芝浦队。

2013年11月26日，杭州芝浦业余足球俱乐部（登记号:浙杭050016）在杭州市民政局登记注册成立。

2015年3月4日，经中国足球协会杯委员会审核通过，更名为杭州安格足球俱乐部。

2017年3月，杭州安格足球俱乐部、杭州启盟足球俱乐部、杭州T60足球俱乐部达成合作协议，三方约定以杭州安格足球俱乐部为主体，合并组建杭州吴越钱唐足球俱乐部，向2018赛季中乙联赛参赛资格发起冲击。

2017年7月11日，杭州吴越钱唐足球俱乐部代表浙江省参加在天津举行的中华人民共和国第十三届运动会笼式足球项目，并在决赛中以3 : 2的比分击败陕西队，获得（男子五人制组）冠军。这也是浙江足球史上首个全运会冠军。

2018年5月13日，杭州吴越钱唐足球俱乐部与杭州师范大学达成战略合作框架协议，共同推动足球运动发展，共建五人制和十一人制足球队。杭州吴越钱唐足球俱乐部还与湖北大学合作，由部分湖北大学校队师生球员与原全运会冠军球队球员合作组队参加2018年五甲联赛。

2018年6月30日，杭州吴越钱唐足球俱乐部参加在宁夏石嘴山市举行的2017-2018中国足球协会室内五人制足球甲级联赛总决赛阶段比赛，以6胜1平的不败战绩，勇夺五甲联赛冠军。并取得2018-2019中国足球协会室内五人制足球超级联赛的报名参赛资格。这也宣告了自2013年浙江黄龙足球队解散后，浙江再次拥有了五人制足球顶级联赛的球队。

2018年9月30日，杭州吴越钱唐足球俱乐部参加在山东省青岛市举行的2018年室内五人制足球中国足球协会杯第四阶段的三四名决赛中，以6 : 4的比分击败上赛季五超联赛第10名的新疆师范大学队，夺得2018年中国五人制足协杯季军。

2018年10月13日，杭州吴越钱唐足球俱乐部参加在山西省太原市进行的2018年中冠联赛全国总决赛四分之一决赛次回合的比赛中，以1:1的比分战平山西信都，从而以3:2的总比分淘汰山西信都，晋级中冠联赛半决赛，并且取得2019年中乙联赛的优先报名参赛资格，接下来只要能通过中国足协的各项准入审查，杭州吴越钱唐足球俱乐部就能征战2019年中乙联赛。

2019年6月28日，杭州吴越钱唐足球俱乐部浙江义乌商城队参加在山东省青岛市举行的2019年室内五人制足球中国足球协会杯第三阶段的冠亚军决赛中，以5:1的比分大胜上海徐房工程大队，夺得2019年中国室内五人制足协杯冠军，成为中国室内五人制足协杯历史上首个以联赛“升班马”的身份参赛，并获得冠军的队伍。

2019年8月1日，杭州吴越钱唐足球俱乐部浙江义乌商城队史上首位外籍主教练米洛万·普雷勒维奇（英语：）（黑山语：Milovan Minja Prelević），因病去世，享年49岁。目前官方暂未宣布代理主教练的人选。

2020年5月23日，中国足协公布2020年中超、中甲、中乙联赛俱乐部参赛名单通知，通知中提及杭州吴越钱唐足球俱乐部向中国足协提交了退出2020年中乙联赛申请，并在公告中予以确认，按有关规定不具有2020年中乙联赛准入资格。